Bonjour Marc !
Merci de faire confiance à AlterHéros pour poser ta question. Je vais tenter de t’éclairer tant que possible dans tes questionnements.
D’abord, si je comprends bien, tu as le désir de transitionner pour « être une femme » car tu te sens inconfortable avec ton « corps d’homme ». Tu te questionnes à savoir si c’est possible d’avoir un vagin lorsqu’on a un pénis. 
Pour commencer, je voudrais simplement signifier qu’il est possible d’être une femme sans avoir un vagin ou, à l’inverse, d’être un homme sans avoir de pénis. C’est important de le préciser car les parcours de chaque personne trans peut être différent. Certaines personnes vont choisir de transitionner physiquement en ayant recours à de l’hormonothérapie ou à des chirurgies, par exemple, alors que d’autres personnes choisiront un parcours de transition non médicalisé ou une transition sociale. Dans tous les cas, chaque parcours est valide. 
Toutefois, de ce que je comprends, tu vis une certaine dysphorie par rapport à ton corps et tu questionnes si c’est possible d’avoir un vagin. Sache que si c’est une option que tu envisages, c’est tout à fait possible. Cette chirurgie se nomme la vaginoplastie. Si tu te demandes en quoi cette chirurgie consiste, je me permets de citer la réponse mon collègue Guillaume pour mieux t’expliquer : La vaginoplastie est une procédure chirurgicale effectuée sous anesthésie régionale ou générale. Le ou la chirurgien.ne retirera dans un premier temps le scrotum ainsi que les testicules. Pour constituer l’ouverture de l’urètre, les lèvres, et le clitoris, le chirurgien (ou la chirurgienne) utilisera le gland, l’urètre et de la peau provenant du scrotum. Les racines capillaires seront cautérisées pour prévenir la croissance de poils dans la cavité vaginale.
C’est le gland qui sera utilisé pour créer le clitoris. Le gland, comme le clitoris, est sensible. Ceci permet généralement de maintenir des sensations sexuelles après la chirurgie.
Une cavité vaginale sera créée (uniquement sur demande. Certaines personnes optent pour une vaginoplastie sans cavité vaginale). La prostate ne sera pas retirée car son ablation pourrait causer une incontinence urinaire définitive. De plus, la prostate demeure un organe sensible et une zone érogène lors de relations sexuelles impliquant la pénétration. La peau du pénis sera inversée pour créer la paroi interne du vagin. Le chirurgien (ou la chirurgienne) utilisera aussi de la peau provenant du scrotum pour compléter la paroi vaginale. Si le chirurgien (ou la chirurgienne) a besoin de davantage de peau pour constituer les nouveaux organes, il pourrait prélever de la peau sur une autre partie du corps comme la cuisse. Même si cette procédure est rare, vous serez informée par votre chirurgien.ne si elle est nécessaire avant l’intervention. Un moule sera placé temporairement dans la cavité vaginale afin d’éviter que cette dernière se referme et sera retiré entre les 5ième et 7ième jours après la chirurgie. Ensuite débuteront les dilatations vaginales qui permettront de maintenir la cavité ouverte. Notez que ces dilatations devront être maintenues à vie.
Si tu désires avoir plus d’informations sur cette chirurgie, je te conseille de consulter cette ressource. De plus, si tu te questionnes sur la transition médicale, je te réfère à une réponse de Séré, très complète qui saura, je l’espère, mieux te guider dans tes questionnements. 
D’ici là, je peux t’orienter vers quelques ressources en France si tu as envie d’avoir accès à plus d’informations et de support! Les voici en rafale :
C’est comme ça : un site sur l’orientation amoureuse & sexuelle & l’identité de genre. 
Une ressource utile pour trouver les associations membres de la Fédération trans et intersexe près de chez toi!  
Et finalement, l’Association nationale transgenre en France, un projet qui repose sur la reconnaissance des droits et l’inclusion des diversités de genre.
Voilà. En espérant avoir pu t’éclairer un peu dans tous tes questionnements. 
Cat, intervenante pour AlterHéros